A função da flor é mediar a união dos esporos masculino (micrósporo) e feminino (megásporo) num processo denominado polinização. Muitas flores dependem dovento para transportar o pólen entre flores da mesma espécie. Outras dependem de animais (especialmente insetos) para realizar este feito. O período de tempo deste processo (até que a flor esteja totalmente expandida e funcional) é chamado anthesis.
Muitas das coisas na natureza desenvolveram-se para atrair animais polinizadores. Os movimentos do agente polinizador contribuem para a oportunidade de recombinação genética com uma população dispersa de plantas. Flores como essas são chamadas de entomófilas (literalmente: amantes de insetos). Flores normalmente têm nectários em várias partes para atrair esses animais. Abelhas e pássaros são polinizadores comuns: ambos têm vida colorida , assim escolhendo flores de coloração atrativa. Algumas flores têm padrões, chamados guias de néctar, que são evidentes na espectro ultravioleta , visível para abelhas, mas não para os humanos. Flores também atraem os polinizadores pelo aroma. A posição dos estamens assegura que os grãos de pólen sejam transferidos para o corpo do polinizador. Ao coletar néctar de várias flores da mesma espécie, o polinizador transfere o pólen entre as mesmas.
O aroma das flores nem sempre é agradável ao nosso olfato. Algumas plantas como a Rafflesia, e a PawPaw Norte-Americana (Asimina triloba) são polinizadas por moscas , e produzem um cheiro de carne apodrecida para atrair esses ajudantes.
Outras flores são polinizadas pelo vento (as gramineas por exemplo) e não precisam atrair agentes polinizadores, tendendo assim a possuir aromas discretos. Flores polinizadas pelo vento são chamadas de anemófilas. Sendo assim o pólen de flores entomófilas costuma ser grudento e de uma granulatura maior, contendo ainda uma porção significante de proteína (outra recompensa para os polinizadores). Flores anemófilas são normalmente de granulatura menor, muito leves e de pequeno valor nutricional para os insetos.
Existe muita contradição sobre a responsabilidade das flores nas alergias . Por exemplo, o entomófilo Goldenrod(Solidago) é freqüentemente culpado por alergias respiratórias, o que não é verdade, pois seu pólen não é carregado pelo ar. Por outro lado, a alergia é normalmente causada pelo pólen da anemófila Ragweed(Ambrosia), que pode vagar com o vento por vários quilômetros.
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